OMICS-Cluster

An der Universität zu Lübeck wurde für das Exzellenzcluster das OMICS-Rechencluster beschafft. Auf diesem werden primär Berechnungen für GWAS, NGS, in silico modelling usw. durchgeführt.

Das OMICS-Cluster stellt eine leistungsstarke Rechenplattform für die beteiligten Institute und Einrichtungen dar. In seinem jetzigen Ausbau stehen diesen maximal 1056 CPU-Threads rund 4,5 TB Arbeitsspeicher zur Verfügung. Um diese beachtliche Leistung möglichst fair zu verteilen, wird das Job-Scheduler Slurm eingesetzt, welches die Batch-Aufträge verwaltet und entsprechend zur Ausführung bringt. Dabei können ein oder mehrere Rechenknoten reserviert und genutzt werden.

Während die meisten Rechenknoten 48 ihren maximal Threads 192 GB RAM und ca. 5TB lokalen Zwischenspeicher zur Verfügung stellen können, können die Jobs auf der leistungsstärksten Maschine 72 Threads, 500 GB RAM und über 7 TB Zwischenspeicher nutzen. Diese Zwischenspeicher werden über die lokalen Festplatten der Rechenknoten abgebildet und bieten einen sehr schnellen Zwischenspeicher für die Big-Data-Analysen.

Für die Projektdaten stehen insgesamt über 400 TB permanenter Speicherplatz in den beiden großen Storages bereit.

Lenkungsgruppe

  • Prof. Dr. Lars Bertram (Lübecker Interdisziplinäre Plattform für Genomanalytik, LIGA)
  • Prof. Dr. Jeanette Erdmann (Institut für Integrative und Experimentelle Genomik, IIEG)
  • Prof. Dr. Saleh Ibrahim (Lübecker Institut für experimentelle Dermatologie, LIED)
  • Dipl.-Inf. Helge Illig (IT-Service-Center, ITSC)
  • Prof. Dr. Hauke Busch (Lübecker Institut für experimentelle Dermatologie, LIED)

Anträge, Ordnungen

Aktueller Aufbau

Die Geschichte des OMICS-Clusters

Die Idee des OMICS-Clusters entstand im Dezember 2014 auf einem ersten Arbeitstreffen der Professoren L. Bertram, J. Erdmann, S. Ibrahim sowie Dipl.-Inf. H. Illig. Im Mai des folgenden Jahres wurden 230.000 Euro in die erste Ausbaustufe des OMICS-Clusters investiert. Finanziert wurde dies primär durch das Exzellenzcluster Entzündungsforschung. Es umfasste das erste Storage, einen Verwaltungsknoten und 17 Rechenknoten, einer davon der Bignode mit 72 CPU-Kernen. Der erste Vollzeit-Administrator des Clusters wurde im Oktober desselben Jahres Frank Rühlemann.

Im Mai 2016 bekam das Cluster seine zweite Ausbaustufe, welche eine Vergrößerung der Storagekapazität, einen zweiten Verwaltungsknoten und die Anschaffung einiger weiterer Rechenknoten umfasste. Von den dafür notwendigen 230.000 Euro wurden 40.000 von LIED beigesteuert, die restlichen 190.000 wurden von den Arbeitsgruppen Erdmann, Bertram und Lill gestellt.

Ende 2016 stieß Professor Busch zur Lenkungsgruppe und wurde zum neuen Sprecher ernannt.

Im Januar 2017 folgte die Einstellung von Gudrun Amedick als zweite Administratorin für das Cluster.